Papenburg liegt als nördlichste Stadt des Emslandes direkt an der Grenze zu Ostfriesland. Hier endet das katholische und konservative, ehemals von der Zentrumspartei geprägte Gebiet. Nachdem das Emsland und so auch Papenburg sehr früh von Osnabrück aus das evangelische Bekenntnis annahm, vertrieb eine starke Gegenreformation wieder protestantische Geistliche und Gemeindeglieder.
Bücher über Papenburg, Broschüren und Veröffentlichungen im Internet beschreiben die Stadt von zwei großen katholischen Kirchen bestimmt: der St. Antoniuskirche am Untenende und der St. Michaelkirche am Obenende. Zwei weitere katholische Kirchen, die St. Marienkirche und die Kirche St. Josef im Vosseberg, sind inzwischen mit den großen Kirchen fusioniert.
Seit dem 19. Jahrhundert wächst beharrlich eine evangelisch-lutherische Gemeinde. Zu ihr gehören inzwischen knapp 6000 Gemeindeglieder, die sich in zwei Kirchen und zwei Kapellen zu Gottesdiensten versammeln. Die ev.-ref. Gemeinde hat eine Kirche und eine Kapelle in Papenburg.